El silencio del viento es la historia de un hombre que intenta afrontar la muerte de su hermana, pero no puede porque tiene que seguir trabajando con el negocio ilegal de traer indocumentados de la República Dominicana a Puerto Rico.

Reynaldo Galíndez, alias "Rey", es un adolescente que escapando de su bautismo como delincuente cae en el patio de la casa de Carlos Vargas, un guardia de seguridad retirado. Al caer, Vargas le ofrece un trato: el joven arreglará los daños que provocó en la casa a cambio de que no lo entregue a la policía. A partir de ahí, las lecciones que el viejo guardia le da al adolescente dan lugar a una relación que remite a viejas leyendas sobre cómo se formaba a los soberanos. El pacto comenzará a resquebrajarse cuando los cabos sueltos del robo en el que participó Reynaldo empiecen a cercarlos.

Andrés (35) y su hijo Pedro (12) viven en un barrio obrero de Caracas y casi nunca se ven. Mientras Andrés ocupa su tiempo con varios trabajos, Pedro deambula por las calles jugando con sus amigos y aprendiendo del ambiente violento que le rodea. Durante un partido de pelota, Pedro se pelea con un niño a quien hiere con una botella. Al descubrir esto, Andrés presiente la venganza y decide escapar del barrio en busca de refugio. Esta situación expondrá a un padre incapaz de controlar a su hijo adolescente pero al mismo tiempo irá acercándolos involuntariamente como nunca antes.

Alfonso (38) sale exhausto de trabajar, va a la playa y se sumerge en el mar. Al sacar la cabeza está en otra playa, en otro tiempo. Sus padres lo esperan gritando en la orilla. Alfonso ve y entiende todo desde su cuerpo adulto, aunque lo traten como a un niño de 11 años. Allí comienza este viaje fantástico por las diferentes vacaciones a lo largo de su vida, donde las situaciones se suceden sin orden cronológico, interrumpiendo con un tono de intimidad y graciosa nostalgia su cruce con novias, amigos de la adolescencia y de la niñez, su hija y su soledad.

María José es una chica de 25 años. Su vida transita entre la monotonía de las clases en la universidad, sus papás siempre distantes y ciertos espacios alternativos donde puede explorar los límites de los demás y de sí misma. Un día conoce a Javier, un chico que le encanta y con quien intenta tener una relación, pero su comportamiento empieza a cambiar radicalmente; ella se encuentra en una etapa avanzada de embarazo y nadie lo sabe.

Marcos, un retraído guardaparques, ve colapsar el frágil equilibrio que había conseguido en el aislamiento al llegar una pareja de biólogos, que investigan una extraña mortandad de aves. El deseo y la envidia por la normalidad que la pareja representa despiertan lentamente al monstruo que él intentaba controlar: su cara, sus piernas y sus brazos no le pertenecen y a medida que la desesperación se hace incontrolable, la única salida que encuentra es la mutilación.