El Jurado de la Juventud está compuesto por unos 350 jóvenes venidos de todo el territorio nacional y del extranjero. Sus miembros son estudiantes de 17 a 21 años elegidos de manera colectiva en centros escolares y escuelas de cine, asimismo pasando por sorteos de plazas o bien en respuesta a cartas de motivación individuales. La participación en el Jurado es por lo tanto voluntaria y conlleva el compromiso de ver todas las películas candidatas al Premio de la Juventud, que son las correspondientes a la selección de Nuevos Directores. Esto implica un promedio de tres películas diarias.

Los miembros del Jurado de la Juventud emiten un voto a la salida de cada proyección mediante una papeleta que incluye una gama de valoraciones. El resultado de las votaciones se da a conocer a diario en la Revista y televisión del Festival, y en unas pantallas y paneles colocadas en puntos clave, como el hall del Kursaal y las oficinas de Zabaltegi.

Los propios jóvenes del jurado organizan la entrega del premio, previamente anunciado a la prensa al mismo tiempo que el Palmarés Oficial. La placa correspondiente es entregada en una Gala de Clausura de la Juventud en la sala de Cámara del Kursaal, antes de una nueva proyección del título triunfador.

El programa de las actividades relacionadas con el Premio de la Juventud se completa con una fiesta en una de las discotecas más conocidas de San Sebastián, donde los jóvenes son invitados a participar junto con los equipos de las películas.

En los últimos ocho años las películas ganadoras de este premio han sido:

• 1999 AGNES BROWNE (AGNES BROWNE: UN SUEÑO HECHO REALIDAD),
• de Anjelica Huston (EE.UU.-Irlanda)
• 2000 FÖRE STORMEN / BEFORE THE STORM, de Reza Parsa (Suecia)
• 2001 ELLING de Peter Naess (Noruega)
• 2002 REAL WOMEN HAVE CURVES (LAS MUJERES DE VERDAD TIENEN CURVAS,)
  de Patricia Cardoso (EE.UU.)
• 2003 NOVIEMBRE, de Achero Mañas (España)
• 2004 "IN MY FATHER'S DEN " de Brad McGann (Nueva Zelanda-Gran Bretaña)
• 2005 "AUPA ETXEBESTE!" de los directores Asier Altuna y Telmo Esnal (España)
• 2006 "KUNSTEN AT GRÆDE I KOR / THE ART OF CRYING" de Peter Schønau Fog (Dinamarca)
• 2007 "CARAMEL" de la directora Nadine Labaki (Líbano-Francia)
• 2008 "AMOROSA SOLEDAD"  de Martín Carranza y Victoria Galardi
• 2009 "MIN DÎT / THE CHILDREN OF DIYARBAKIR" de Miraz Bezar.